Im Rahmen der genehmigten Forschungsarbeiten soll die Funktion von sog. langen nicht-codierenden RNAs (lncRNAs) und mit diesen assoziierten Proteinen beim Übergang humaner embryonaler Stammzellen (hES-Zellen) aus dem Stadium der naiven/geprägten Pluripotenz in frühe Differenzierungsstadien sowie bei der weiteren Entwicklung in verschiedene differenzierte Zelltypen untersucht werden. Dabei sollen zunächst sog. Paraspeckles untersucht werden, intra-nukleäre membranlose Organellen, die als wesentliches Strukturelement die lncRNA NEAT1 enthalten und die offenbar an wesentlichen Prozessen der posttranskriptionalen Expressionsregulation beteiligt sind. Dabei sollen Veränderungen in der Zahl der Paraspeckles bei der Differenzierung von hES-Zellen in verschiedene Zelltypen untersucht und auf diesem Wege jene Differenzierungsprozesse identifiziert werden, die mit einer besonders hohen Dynamik der Paraspeckles einhergehen. Anschließend sollen verschiedene genetische Veränderungen am NEAT1-Gen vorgenommen bzw. dessen Expression zu verschiedenen Zeitpunkten aus- und eingeschaltet und der Effekt auf Differenzierungsvorgänge sowie auf das Transkriptom und das Proteom der sich differenzierenden Zellen analysiert werden. Äquivalente Untersuchungen sollen bezüglich einer Reihe weiterer lncRNAs mit potentieller Funktion in der Differenzierung durchgeführt werden. Ferner sollen Wechselwirkungspartner von NEAT1 isoliert und identifiziert und auf diesem Wege ggf. die von NEAT1 regulierten Gene bestimmt werden. Zudem sollen auch Gene, die für die in Paraspeckles angereicherten Kernproteine codieren, in hES-Zellen funktional deletiert bzw. ihre Expression ausgeschaltet und die Effekte auf das Differenzierungsvermögen der hES-Zellen sowie auf das Transkriptom/Proteom der differenzierten Zellen überprüft werden. Weitere Arbeiten sind auf die Analyse der molekularen Zusammenhänge zwischen der Ausschaltung der Paraspeckles-Proteine, den Veränderungen im Transkriptom/Proteom und weiteren Veränderungen im Phänotyp der betreffenden Zellen gerichtet.
molekularen Prozesse, die Selbsterneuerung und Differenzierung menschlicher Zellen steuern