Als sich 1946 Indien und Pakistan trennen, verliert Mary Lennox ihre Eltern an der Cholera und wird zu ihrem Onkel nach England geschickt. Dort angekommen wird sie von einem heruntergekommenen Landsitz empfangen, dessen Bewohner alle in der Vergangenheit gefangen sind. Doch auch sie selbst wird in den leeren Räumlichkeiten von ihrer Kindheit eingeholt, in denen sie ein mysteriöses Weinen vernimmt, das sie nachts wachhält. Wirklich frei fühlt sie sich nur im Wald, wo sie einen geheimnisvollen Garten entdeckt.
Wer sich außerdem zu sehr auf die Logik des Films versteift, dem wird sich der geheime Garten nicht öffnen