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Die genehmigten Forschungsarbeiten zielen auf die Klärung der Frage, ob und auf welchem Wege humanspezifische zirkuläre RNAs (circular RNAs, circRNAs) an der Regulation von frühen Entwicklungsprozessen menschlicher Zellen beteiligt sind, insbesondere an der Aufrechterhaltung von Pluripotenz und an der neuronalen Differenzierung. In einem ersten Schritt des Vorhabens sollen aus naiven und geprägten hES-Zellen einerseits sowie aus sich neuronal differenzierenden hES-Zellen zu unterschiedlichen Zeitpunkten der Differenzierung andererseits verschiedene RNA-Seq-Bibliotheken hergestellt werden. Nach Sequenzierung der jeweiligen RNA-Seq-Bibliotheken sollen unter Nutzung bioinformatorischer Verfahren circRNAs identifiziert und quantifiziert sowie Referenzen für zirkuläres und lineares Spleißen erzeugt werden. Zudem sollen Wechselwirkungen zwischen verschiedenen RNAs („trans-RNA-RNA-Interaktionen“), insbesondere zwischen circRNAs und linearen Transkripten, in hES-Zellen und neuronal differenzierten Zellen zu verschiedenen Zeitpunkten der neuronalen Differenzierung vorhergesagt und Korrelationen zwischen der Präsenz und Quantität von circRNAs und dem Auftreten spezifischer Spleiß-Produkte bestimmt werden. Auf diesem Wege sollen circRNAs identifiziert werden, die ggf. an der Regulation des Spleißens beteiligt sind. Anschließend sollen die als relevant angesehenen antizipierten Wechselwirkungen zwischen circRNAs und linearen Transkripten experimentell bestätigt werden. Dabei sollen i. a. die linearen RNA-Wechselwirkungspartner spezifischer circRNAs angereichert, identifiziert und charakterisiert werden. Zudem sollen die Rolle spezifischer circRNAs für das Spleißen durch differentielle Analyse von Spleiß-Isoformen vor dem Hintergrund der Präsenz und Abwesenheit spezifischer circRNAs verifiziert und die Lokalisation der miteinander interagierenden RNAs bestimmt werden.
können circRNAs auch die Expression ihres parentalen Gens

Die genehmigten Forschungsarbeiten zielen auf die Klärung der Frage, ob und auf welchem Wege humanspezifische zirkuläre RNAs (circular RNAs, circRNAs) an der Regulation von frühen Entwicklungsprozessen menschlicher Zellen beteiligt sind, insbesondere an der Aufrechterhaltung von Pluripotenz und an der neuronalen Differenzierung. In einem ersten Schritt des Vorhabens sollen aus naiven und geprägten hES-Zellen einerseits sowie aus sich neuronal differenzierenden hES-Zellen zu unterschiedlichen Zeitpunkten der Differenzierung andererseits verschiedene RNA-Seq-Bibliotheken hergestellt werden. Nach Sequenzierung der jeweiligen RNA-Seq-Bibliotheken sollen unter Nutzung bioinformatorischer Verfahren circRNAs identifiziert und quantifiziert sowie Referenzen für zirkuläres und lineares Spleißen erzeugt werden. Zudem sollen Wechselwirkungen zwischen verschiedenen RNAs („trans-RNA-RNA-Interaktionen“), insbesondere zwischen circRNAs und linearen Transkripten, in hES-Zellen und neuronal differenzierten Zellen zu verschiedenen Zeitpunkten der neuronalen Differenzierung vorhergesagt und Korrelationen zwischen der Präsenz und Quantität von circRNAs und dem Auftreten spezifischer Spleiß-Produkte bestimmt werden. Auf diesem Wege sollen circRNAs identifiziert werden, die ggf. an der Regulation des Spleißens beteiligt sind. Anschließend sollen die als relevant angesehenen antizipierten Wechselwirkungen zwischen circRNAs und linearen Transkripten experimentell bestätigt werden. Dabei sollen i. a. die linearen RNA-Wechselwirkungspartner spezifischer circRNAs angereichert, identifiziert und charakterisiert werden. Zudem sollen die Rolle spezifischer circRNAs für das Spleißen durch differentielle Analyse von Spleiß-Isoformen vor dem Hintergrund der Präsenz und Abwesenheit spezifischer circRNAs verifiziert und die Lokalisation der miteinander interagierenden RNAs bestimmt werden.
können circRNAs auch die Expression ihres parentalen Gens

Untersuchung der Eigenschaften von p53 in humanen embryonalen Stammzellen
soll durch RNA-Sequenzierung bestimmt werden, welche Gene

Hintergrund des Forschungsvorhabens ist die Hypothese, dass eine insbesondere durch Stress vermittelte Ausschüttung von Glukokortikoiden zu Veränderungen in der Neurogenese bzw. in den Eigenschaften neuronaler Zellen des Zentralnervensystems führt und auf diesem Wege die Entwicklung psychiatrischer Erkrankungen verursachen bzw. begünstigen kann. Konkreter Gegenstand der genehmigten Forschungsarbeiten ist die Untersuchung des Einflusses von Glukokortikoiden auf die Entwicklung und Eigenschaften humaner neuronaler Zellen und Organoide in vitro. Dazu sollen hES-Zellen nach etablierten und ggf. zu optimierenden Protokollen in neuronale Zellen, insbesondere in kortikale und hippocampale Neurone, sowie zu Gehirn-Organoiden differenziert und die Integrität der entstandenen Zellen/Organoide durch umfangreiche Analysen bestätigt werden. Dabei sollen auch die Präsenz, Lokalisation und Funktionalität des Glukokortikoid-Rezeptors in hES-Zellen und in aus diesen differenzierten neuronalen Zellen untersucht werden. Im folgenden sollen diese Untersuchungen dann in Präsenz von Glukokortikoiden erfolgen und mögliche Veränderungen in den differenzierten bzw. sich differenzierenden Zellen bestimmt werden. Neben Effekten auf Proliferation, Überlebensrate, Migration und Dendritenbildung soll insbesondere der Einfluss von Glukokortikoiden auf das Transkriptom und das Epigenom der jeweiligen neuronalen (Vorläufer)Zellen durch RNA-Sequenzierung, Methylierungsanalysen und genomische Analysen im Detail ermittelt werden. Zudem soll untersucht werden, ob es infolge der Wirkung von Glukokortikoiden zu Veränderungen im DNA-Bindungs-Spektrum des Glukokortikoidrezeptors kommt.
Zellen auftreten und ob die differentiell exprimierten Gene

Hintergrund des Forschungsvorhabens ist die Hypothese, dass eine insbesondere durch Stress vermittelte Ausschüttung von Glukokortikoiden zu Veränderungen in der Neurogenese bzw. in den Eigenschaften neuronaler Zellen des Zentralnervensystems führt und auf diesem Wege die Entwicklung psychiatrischer Erkrankungen verursachen bzw. begünstigen kann. Konkreter Gegenstand der genehmigten Forschungsarbeiten ist die Untersuchung des Einflusses von Glukokortikoiden auf die Entwicklung und Eigenschaften humaner neuronaler Zellen und Organoide in vitro. Dazu sollen hES-Zellen nach etablierten und ggf. zu optimierenden Protokollen in neuronale Zellen, insbesondere in kortikale und hippocampale Neurone, sowie zu Gehirn-Organoiden differenziert und die Integrität der entstandenen Zellen/Organoide durch umfangreiche Analysen bestätigt werden. Dabei sollen auch die Präsenz, Lokalisation und Funktionalität des Glukokortikoid-Rezeptors in hES-Zellen und in aus diesen differenzierten neuronalen Zellen untersucht werden. Im folgenden sollen diese Untersuchungen dann in Präsenz von Glukokortikoiden erfolgen und mögliche Veränderungen in den differenzierten bzw. sich differenzierenden Zellen bestimmt werden. Neben Effekten auf Proliferation, Überlebensrate, Migration und Dendritenbildung soll insbesondere der Einfluss von Glukokortikoiden auf das Transkriptom und das Epigenom der jeweiligen neuronalen (Vorläufer)Zellen durch RNA-Sequenzierung, Methylierungsanalysen und genomische Analysen im Detail ermittelt werden. Zudem soll untersucht werden, ob es infolge der Wirkung von Glukokortikoiden zu Veränderungen im DNA-Bindungs-Spektrum des Glukokortikoidrezeptors kommt.
Zellen auftreten und ob die differentiell exprimierten Gene

Gegenstand der genehmigten Arbeiten ist die Optimierung der homologen Rekombination in hES-Zellen. Dabei sollen auch die Bedingungen für die ortspezifische Integration von DNA mittels RCME (recombination mediated cassette exchange / recombinationsvermittelter Kassettenaustausch) untersucht und Methoden für deren Anwendung entwickelt werden. Ferner sollen Anwendungen für die konditionelle Mutagenese in hES-Zellen getestet sowie gentechnische lineage selection Strategien durch Bac-Transgenese oder homologe Rekombination bei hES-Zellen entwickelt werden. Schließlich sollen die Anwendungsmöglichkeiten der RNAi-Technologie zur Kontrolle der Genexpression in hES-Zellen geklärt werden.
Instrumente für die Untersuchung der Rolle einzelner Gene

Etablierung neuraler Zellmodelle des Menschen auf Grundlage pluripotenter Stammzellen
hES-Zellen (bzw. daraus abgeleiteten Vorläuferzellen) Gene

Etablierung neuraler Zellmodelle des Menschen auf Grundlage pluripotenter Stammzellen
hES-Zellen (bzw. daraus abgeleiteten Vorläuferzellen) Gene

Etablierung neuraler Zellmodelle des Menschen auf Grundlage pluripotenter Stammzellen
hES-Zellen (bzw. daraus abgeleiteten Vorläuferzellen) Gene

Etablierung neuraler Zellmodelle des Menschen auf Grundlage pluripotenter Stammzellen
hES-Zellen (bzw. daraus abgeleiteten Vorläuferzellen) Gene