Untersuchungen zur Rolle RNA-bindender Proteine bei der Aufrechterhaltung der Pluripotenz und bei der Differenzierung humaner embryonaler Stammzellen
Ferner sollen die Gene, die für die betreffenden RBP
Untersuchungen zur Rolle RNA-bindender Proteine bei der Aufrechterhaltung der Pluripotenz und bei der Differenzierung humaner embryonaler Stammzellen
Ferner sollen die Gene, die für die betreffenden RBP
Ziel des Forschungsvorhabens ist die detaillierte Untersuchung des Zusammenspiels von Genexpression, Epigenom und Chromatinstruktur beim Übergang humaner pluripotenter Stammzellen vom Stadium der Pluripotenz in die Differenzierung. Dabei soll vor allem die Funktion nukleärer membranloser Organellen (MLO) bei der Veränderung der räumlichen Organisation des Genoms sowie bei der Umgestaltung des Chromatins untersucht werden.
down oder einer Überexpression der entsprechenden Gene
Im Zusammenhang mit bereits seit mehreren Jahren bei der Genehmigungsinhaberin durchgeführten Forschungsarbeiten, in denen humane embryonale Stammzellen als Ausgangsmaterial für die Gewinnung potentiell therapeutisch nutzbarer pankreatischer ß-Zellen verwendet werden, soll hier die Fragestellung geklärt werden, ob und inwieweit durch eine funktionale Deletion spezifischer Zytokinrezeptoren in hES-Zellen die toxische Wirkung proinflammatorischer Zytokine auf aus diesen hES-Zellen differenzierte β-Zellen vermindert und so das Überleben dieser Zellen in vivo gefördert werden kann.
Im Rahmen der Forschungsarbeiten sollen daher Gene
Etablierung eines Zellmodells für die Infektion mit humanem respiratorischem Synzytial-Virus (hRSV)
Diese Gene sollen dann in hES-Zellen entweder überexprimiert
Die Verwendung der o. g. humanen embryonalen Stammzellen wurde für ein Projekt genehmigt, das die bereits im Rahmen eines anderen genehmigten Projektes durchgeführten Arbeiten zur Herstellung künstlichen Herzgewebes (engineered heart tissue, EHT) fortführt und vertieft. Durch die Verwendung verbesserter bzw. neuer Protokolle soll der Prozess der Differenzierung von hES-Zellen zu Herzzellen dabei effektiver als bislang gestaltet werden; die entstehenden Zellen sollen hinsichtlich ihres Transkriptoms und ihres Proteoms mit hES-Zellen verglichen, an der kardialen Differenzierung beteiligte Faktoren identifiziert und analysiert sowie Strategien zur Anreicherung kardial differenzierter Zellen erarbeitet werden. Durch Verwendung neuer Methoden für die Formierung der EHTs sollen eine Miniaturisierung und eine bessere Standardisierbarkeit der EHTs erreicht werden. Die EHTs sollen bezüglich zahlreicher Parameter in vitro charakterisiert, mit EHTs aus Zellen anderen Ursprungs verglichen und gegebenenfalls auch in vivo nach Transplantation in Nager bezüglich ihrer Funktionalität untersucht werden.
genehmigten Projektes insbesondere die Expression der Gene
Die Verwendung der o. g. humanen embryonalen Stammzellen wurde für ein Projekt genehmigt, das die bereits im Rahmen eines anderen genehmigten Projektes durchgeführten Arbeiten zur Herstellung künstlichen Herzgewebes (engineered heart tissue, EHT) fortführt und vertieft. Durch die Verwendung verbesserter bzw. neuer Protokolle soll der Prozess der Differenzierung von hES-Zellen zu Herzzellen dabei effektiver als bislang gestaltet werden; die entstehenden Zellen sollen hinsichtlich ihres Transkriptoms und ihres Proteoms mit hES-Zellen verglichen, an der kardialen Differenzierung beteiligte Faktoren identifiziert und analysiert sowie Strategien zur Anreicherung kardial differenzierter Zellen erarbeitet werden. Durch Verwendung neuer Methoden für die Formierung der EHTs sollen eine Miniaturisierung und eine bessere Standardisierbarkeit der EHTs erreicht werden. Die EHTs sollen bezüglich zahlreicher Parameter in vitro charakterisiert, mit EHTs aus Zellen anderen Ursprungs verglichen und gegebenenfalls auch in vivo nach Transplantation in Nager bezüglich ihrer Funktionalität untersucht werden.
genehmigten Projektes insbesondere die Expression der Gene
Die genehmigten Forschungsarbeiten zielen auf die Klärung der Frage, ob und auf welchem Wege humanspezifische zirkuläre RNAs (circular RNAs, circRNAs) an der Regulation von frühen Entwicklungsprozessen menschlicher Zellen beteiligt sind, insbesondere an der Aufrechterhaltung von Pluripotenz und an der neuronalen Differenzierung. In einem ersten Schritt des Vorhabens sollen aus naiven und geprägten hES-Zellen einerseits sowie aus sich neuronal differenzierenden hES-Zellen zu unterschiedlichen Zeitpunkten der Differenzierung andererseits verschiedene RNA-Seq-Bibliotheken hergestellt werden. Nach Sequenzierung der jeweiligen RNA-Seq-Bibliotheken sollen unter Nutzung bioinformatorischer Verfahren circRNAs identifiziert und quantifiziert sowie Referenzen für zirkuläres und lineares Spleißen erzeugt werden. Zudem sollen Wechselwirkungen zwischen verschiedenen RNAs („trans-RNA-RNA-Interaktionen“), insbesondere zwischen circRNAs und linearen Transkripten, in hES-Zellen und neuronal differenzierten Zellen zu verschiedenen Zeitpunkten der neuronalen Differenzierung vorhergesagt und Korrelationen zwischen der Präsenz und Quantität von circRNAs und dem Auftreten spezifischer Spleiß-Produkte bestimmt werden. Auf diesem Wege sollen circRNAs identifiziert werden, die ggf. an der Regulation des Spleißens beteiligt sind. Anschließend sollen die als relevant angesehenen antizipierten Wechselwirkungen zwischen circRNAs und linearen Transkripten experimentell bestätigt werden. Dabei sollen i. a. die linearen RNA-Wechselwirkungspartner spezifischer circRNAs angereichert, identifiziert und charakterisiert werden. Zudem sollen die Rolle spezifischer circRNAs für das Spleißen durch differentielle Analyse von Spleiß-Isoformen vor dem Hintergrund der Präsenz und Abwesenheit spezifischer circRNAs verifiziert und die Lokalisation der miteinander interagierenden RNAs bestimmt werden.
können circRNAs auch die Expression ihres parentalen Gens
Die genehmigten Forschungsarbeiten zielen auf die Klärung der Frage, ob und auf welchem Wege humanspezifische zirkuläre RNAs (circular RNAs, circRNAs) an der Regulation von frühen Entwicklungsprozessen menschlicher Zellen beteiligt sind, insbesondere an der Aufrechterhaltung von Pluripotenz und an der neuronalen Differenzierung. In einem ersten Schritt des Vorhabens sollen aus naiven und geprägten hES-Zellen einerseits sowie aus sich neuronal differenzierenden hES-Zellen zu unterschiedlichen Zeitpunkten der Differenzierung andererseits verschiedene RNA-Seq-Bibliotheken hergestellt werden. Nach Sequenzierung der jeweiligen RNA-Seq-Bibliotheken sollen unter Nutzung bioinformatorischer Verfahren circRNAs identifiziert und quantifiziert sowie Referenzen für zirkuläres und lineares Spleißen erzeugt werden. Zudem sollen Wechselwirkungen zwischen verschiedenen RNAs („trans-RNA-RNA-Interaktionen“), insbesondere zwischen circRNAs und linearen Transkripten, in hES-Zellen und neuronal differenzierten Zellen zu verschiedenen Zeitpunkten der neuronalen Differenzierung vorhergesagt und Korrelationen zwischen der Präsenz und Quantität von circRNAs und dem Auftreten spezifischer Spleiß-Produkte bestimmt werden. Auf diesem Wege sollen circRNAs identifiziert werden, die ggf. an der Regulation des Spleißens beteiligt sind. Anschließend sollen die als relevant angesehenen antizipierten Wechselwirkungen zwischen circRNAs und linearen Transkripten experimentell bestätigt werden. Dabei sollen i. a. die linearen RNA-Wechselwirkungspartner spezifischer circRNAs angereichert, identifiziert und charakterisiert werden. Zudem sollen die Rolle spezifischer circRNAs für das Spleißen durch differentielle Analyse von Spleiß-Isoformen vor dem Hintergrund der Präsenz und Abwesenheit spezifischer circRNAs verifiziert und die Lokalisation der miteinander interagierenden RNAs bestimmt werden.
können circRNAs auch die Expression ihres parentalen Gens
Untersuchung der Eigenschaften von p53 in humanen embryonalen Stammzellen
soll durch RNA-Sequenzierung bestimmt werden, welche Gene
