Die Max-Planck-Gesellschaft setzte 1997 eine Kommission unabhängiger Historiker ein, um die Geschichte ihrer Vorgängerorganisation, der Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft (KWG), im Nationalsozialismus umfassend aufzuarbeiten. Das Projekt wurde 2007 abgeschlossen: 17 Forschungsbände und 28 Vorabdrucke legen offen, welchen Anteil Forschende und Forschungsmanager der Kaiser-Wilhelm-Institute (KWI) und der Generalverwaltung an den Verbrechen des NS-Staats hatten. Außerdem dokumentiert ein Gedenkbuch biografische Schicksale der ab 1933 aus rassistischen und politischen Gründen aus Deutschland vertriebenen 104 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler.
bekannte sich auch dazu, dass die Max-Planck-Gesellschaft lange Zeit zu wenig zur Aufklärung