Die Beziehungen zwischen Heidelberg und der israelischen Stadt Rehovot gehen bis ins Jahr 1958 zurück. Wegbereiter der späteren Städtepartnerschaft war der wissenschaftliche Austausch, der sich zunächst zwischen dem Max-Planck-Institut für Kernphysik und dem Weizmann-Institut in Rehovot entwickelte und der 1978 mit der Gründung des European Molecular Biology Laboratory (EMBL) in Heidelberg weiter ausgebaut wurde. Die besondere Verantwortung Deutschlands gegenüber dem jüdischen Volk, die den Wunsch nach einer Partnerstadt in Israel prägte, und die langjährige Zusammenarbeit zwischen wissenschaftlichen Institutionen beider Städte führten 1983 zur Unterzeichnung eines Städtepartnerschaftsvertrages. Seitdem zeichnet sich die Partnerschaft durch einen kontinuierlichen lebendigen Austausch aus, wobei vor allem dem Jugend- und Schüleraustausch ebenso wie dem Austausch im wissenschaftlichen und kulturellen Bereich eine zentrale Rolle zukommt.
Heidelberg wird vom ersten Generaldirektor des EMBL und britischen